RIP-seq-南宫28NG相信品牌力量-RNA免疫共沉淀与蛋白结合

RNA IP-seq（RIP-seq）

RNA IP-seq（RIP-seq）RNA-蛋白质相互作用研究技术

RNA IP-seq是研究细胞内 RNA 与蛋白结合情况的技术，以 RNA 免疫共沉淀（RIP）实验为基础，采用针对目标蛋白的特异性抗体把相应的 RNA 与蛋白质复合物沉淀出来，分离纯化复合物中的 RNA，通过 Illumina 测序，在全转录组范围内研究被目标蛋白特异性结合的 RNA 区域或种类，并比较样品/组间差异。
抗体类型丰富：
具有多种商品化抗体，高效支持实验开展。

应用方向

诺禾优势

信息分析

南宫28NG相信品牌力量RIP-seq测序项目，通过对IP下来的合格RNA样本，建库测序，获得高质量reads，进行peak calling，对peak相关基因进行功能富集分析。

关联分析

基于文章高频出现的RIP-seq与RNA-seq关联分析内容，诺禾搭建了关联分析流程，助力高分文章发表。

RIP-seq与RNA-seq关联分析	1. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因维恩图
	2. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因分析GO 富集分析
	3. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因分析KEGG 富集分析

常见问题

1. Input和IP样本之间的关系是什么？
- Input和IP属于两个样本，在前期检测、建库、测序都是平行进行的，但是分析中需要将两个样本的测序数据进行整合分析，得出最终的Peak结果，并进行后续分析。
2.Input是什么？有什么作用？
- RNA片段化后，在进行免疫沉淀前，需要取一部分做Input对照（不进行免疫沉淀过程）。Input是断裂后的RNA，需要与沉淀后的样品RNA一起经过逆转交联，RNA纯化，以及最后的PCR或其他方法检测。通过后续数据分析，我们可以通过Input对照排除背景噪音（非特异性结合所造成的假阳性Peaks），验证RNA断裂的效果和整个实验中IP效果，所以Input 对照是IP-seq实验必不可少的步骤。