全基因组甲基化测序-南宫28NG相信品牌力量-DNADMRWGBS差异性甲基化水平位点区域

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    表观组测序

    全基因组甲基化测序

    WGBS—全面准确分析基因组甲基化

    全基因组DNA甲基化测序(Whole Genome BisulfiteSequencing,WGBS)是将重亚硫酸盐处理方法和高通量测序平台相结合,对有参考基因组的物种在全基因组水平进行甲基化研究。
    • 准确:

      WGBS可以达到单碱基分辨率,准确分析每一个胞嘧啶的甲基化状态,从而构建精细的全基因组DNA甲基化图谱。
    • 高效:

      全面分析不同处理对全基因组甲基化水平的影响,快速准确地找到差异甲基化区域。

    应用方向

    • 胚胎发育

      人、小鼠、斑马鱼等胚胎细胞发育研究。
    • 癌症疾病

      肿瘤、精神疾病、代谢病、心血管病、免疫病等研究。
    • 动物行为

      动物觅食、攻击、繁殖、通讯等行为研究。
    • 植物研究

      植物胁迫、生长发育、开花、遗传育种等研究。

    诺禾优势

    • 1.样本起始量低

      建库仅需DNA0.1-0.2ug
    • 2. 周期快、质量好,稳定性高

      诺禾WGBS采用先进的平台测序,并与高性能计算平台(High PerformanceComputing,HPC)结合,实现快速、稳定的测序数据分析及交付。
      • <20

        样本量
      • 38天

        周期
      • PE150

        测序读长
      • ≥85%

        测序质量Q30
      • 20,280个

        物理核数
      • 1,727T flops

        计算峰值速度
      • 400TB

        总内存
      • 58.6PB

        总储存
    • 3.方案设计专业,质控严格

      诺禾WGBS建库加入阴性对照λDNA,要求重亚硫酸盐转化效率99%以上,并采用主流软件bismark 进行分析...从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都经过科学、缜密 的设计,以保障高质量研究成果。

      材料选取

      DNA样本>400 ng

      文库构建甲基化文库

      PE150测序

      信息分析

    • 4. 项目文章以及物种经验丰富

      南宫28NG相信品牌力量已经成功完成对猪,大豆,食蟹猴,小鼠,扬子鳄,牛,涡虫,牡蛎、拟南芥,水稻,杨树,白菜等近百个物种进行全基因组甲基化测序分析,助力客户在Genome Biology、Nucleic Acids Research、Nature Plants等权威杂志发表多篇高水平文章。
      • 80人

        分析团队
      • 7年

        项目经验
      • 1000+

        结题项目
      • 1对1

        项目服务

    信息分析

    南宫28NG相信品牌力量WGBS基于全基因组水平,实现单碱基分辨率的甲基化位点准确定位,快速准确找到差异位点,实现高效分析DMR及相关基因的功能分析。
    WGBS 分析内容 解决问题
    标准分析 测序数据质量评估 过滤低质量数据,保证数据质量
    与参考基因组比对 比对率和覆盖度分析
    甲基化位点 calling 分析甲基化位点
    甲基化分布 甲基化在基因组,染色体,功能与元件上的分布
    差异甲基化分析 寻找 DMR
    相关基因分析 相关基因GO,KEGG 富集分析
    多样本分析 PCA 分析多样本甲基化变化规律

    关联分析

    南宫28NG相信品牌力量WGBS基于全基因组水平,实现单碱基分辨率的甲基化位点准确定位,快速准确找到差异位点,实现高效分析DMR及相关基因的功能分析。
    WGBS 分析内容
    DNA甲基化与mRNA关联分析 1.整体上的关联,主要从染色体层面基因甲基化水平与表达水平分布,基因上下游层面甲基化水平与表达水平分布两个方面来展示DNA甲基化修饰与基因表达的关系
    2.DMR相关基因表达与甲基化修饰,以甲基化分析得到的DMR相关基因为主体,以不同形式展示其表达与甲基化修饰的关系
    3.DMR相关基因与差异基因联合分析,将DMR相关基因与转录组分析得到的差异基因取交集,以不同的形式展示交集基因的甲基化水平和表达量及其注释信息
    4.DMR相关基因与差异基因功能分析,主要是基于基因集合间求交集并进行GO和KEGG富集分析

    送样建议

    组织类型 送样建议

    新鲜动物组织

    >100 mg

    新鲜植物组织

    >200 mg

    新鲜培养细胞数量

    10^6个

    动物血(哺乳类)

    >2 mL

    动物血(红细胞有核类)

    >1 mL

    常见问题

    • 1. 哪些物种可以研究WGBS?

      • 要做全基因组甲基化分析,对物种有以下要求:
        a. 物种为真核生物;
        b. 物种具有参考基因组,至少拼接到scaffold水平;
        c. 具有较为完整的注释。
    • 2. 全基因组甲基化测序有哪些优势?

      • 在全基因组水平,单碱基分辨率检出甲基化位点,不仅能够高精度发现CpG岛等常见区域的甲基化水平的变化,还能够分析genebody区,基因间区等区域的甲基化水平的差异,分析甲基化对染色体的状态以及基因结构变化的影响,从多维度分析解决生物学问题。
        南宫28NG相信品牌力量拥有专业的设计方案、严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,贴心的项目服务,确保每一个环节都能出色完成,助力您的科学研究。

    拓展材料

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