单细胞全长转录组

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单细胞测序

单细胞全长转录组测序揭示人类和小鼠样本的转录本综合表征

Comprehensive characterization of single cell full-length isoforms in human and mouse with long-read sequencing

期刊:Genome Biology
影响因子:13.6
发表单位:澳大利亚 沃尔特-伊丽莎霍尔医学研究所
发表时间:2021年11月

一、研究内容

本文开发了一种基于Nanopore测序和10x Genomics的全长转录组单细胞分析方法,该方法使用新的分析工具 (FLAMES),分析单细胞中的全长异构体、可变剪接和突变检测。作者将此方法应用于含有不同细胞类型的人和小鼠样本,鉴定出数以千计的未注释的亚型,并找到了丰富的保守功能区域,尤其是在不同细胞和物种中参与可变剪切的丰富区域(包括核糖体生物发生和mRNA剪接)。


参考文献

[1] Tian L, Jabbari JS, Thijssen R, et al. Comprehensive characterization of single-cell full-length isoforms in human and mouse with long-read sequencing. Genome Biol. 2021;22(1):310. Published 2021 Nov 11. doi:10.1186/s13059-021-02525-6

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