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外泌体非编码RNA测序
1 血浆/血清样品
样本类型 | 送样量/库 | 样本保存和运输 |
---|---|---|
血浆/血清 | 4-5 ml | 寄送时将样本管放入更大的管或者自封袋中,防止样本运输过程中被破坏;液氮速冻,干冰运输。 |
血浆样品样本制备方法: (1)用含有EDTA(紫头管)的5ml采血管抽取全血,共需10ml。轻柔上下颠倒混匀(离心条件限制时可将全血样本置于4°C保存,1h内进行下一步处理); (2)4°C,使用吊桶式转头1900g离心10min,小心吸取上清即为血浆,最后500μl丢弃; (3)得到的血浆再次离心,在4°C,3000g的条件下离心15min,小心吸出血浆,注意不要碰到底部和侧面的沉淀物; (4)将血浆分装到EP管中,送样前可冻存于-80°C,避免反复冻融; 注意:统一早晨空腹采血,尽量避免样本间的差异影响;不能用肝素抗凝管,因为肝素会影响后续的酶反应。 |
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血清样本制备方法: (1)采用采血针和普通血清管(不含抗凝剂的5ml采血管(红头管))采血10ml; (2)室温静置30min后,然后4°C下静置3-4h(此时可见血块析出); (3)用移液器吸取上面的淡黄色血清(应该有4ml左右)转入15ml离心管中,4°C条件下3000g离心15min,小心取上清转入新的15ml离心管中,最大程度保证血清质量; (4)离心后的血清15min内冻存于-80°C冰箱,避免反复冻融。 |
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注意事项: (1)分离exosomes前,不能加入任何RNA保护剂(如Trizol,RNA later); (2)若非研究血小板来源外泌体,请尽量采用血浆送样; (3)统一早晨空腹采血,尽量避免样本间的差异影响; (4)采血后避免剧烈振荡,防止溶血,溶血后需重新采样; (5)全血不可冻融,取血后尽早制备血浆/血清; (6)不能用肝素抗凝管,因为肝素会影响后续的酶反应。 |
2 细胞上清样品
样本类型 | 送样量/库 | 样本保存和运输 |
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细胞上清 | 30ml | 寄送时将样本管放入更大的管或者自封袋中,防止样本运输过程中被破坏;液氮速冻,干冰运输。 |
细胞上清本制备方法: (1)细胞在正常含有血清的培养基中培养一定时间,贴壁细胞密度在70%-80%(相对于培养皿的面积,长满为100%,肉眼判断),悬浮细胞密度在60%-70%(相对最大浓度来说,具体依据经验判断); (2)贴壁细胞要去除原有培养基,换为新的不含外泌体的培养基或者无血清培养基培养;悬浮细胞在300g,4°C的条件下离心10min收集细胞; (3)使用不含外泌体的培养基或者无血清培养基悬浮细胞并继续培养。细胞继续培养24-48h,根据细胞的生长速度确定收取上清时间细胞上清收集时间(培养基变黄可能培养的时间太长); (4)收集细胞上清,300g,4°C,离心10min;小心吸取上清,注意避免吸入细胞或者细胞碎片; (5)3000g,4°C,再次离心15min,确保将细胞或者细胞碎片去除干净; (6)取上清,注意避免吸入细胞或者细胞碎片,合并相同的细胞培养液上清样品,装入50ml离心管中,可在4°C短期保存(1-2天),长期保存可冻存于-80°C。 |
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注意事项: (1)细胞培养基必须使用去除外泌体的血清或者无血清培养基; (2)细胞无衣原体、支原体及其他微生物污染,否则可能影响后续数据质量。请送样前确认本样本无微生物污染。若无法确认,公司提供支原体衣原体检测服务; (3)如果提供的是冻存细胞株,需提供详尽的复苏方法。 (4)细胞上清分离后尽快进行外泌体分离,保存在4°C和-80°C,都会对外泌体形态质量有一定的影响。 |
3 尿液样品
样本类型 | 送样量/库 | 样本保存和运输 |
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尿液 | 30ml | 寄送时将样本管放入更大的管或者自封袋中,防止样本运输过程中被破坏;液氮速冻,干冰运输。 |
尿液样品制备方法: (1)采集前/中后段晨尿,应该尽量选择受试者的“新鲜”尿液,并注意避免细菌污染,收集前注意饮食控制,于4°C临时保存(不超过8h); (2)用15ml或50ml离心管收集尿液,300g,4°C离心10min,将上清转移至干净离心管中,避免碰触底部沉淀; (3)3000g,4°C离心15min,去除细胞或细胞碎片,保留上清,避免碰触到底部沉淀;送样前可冻存于-80°C,避免反复冻融。 |
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注意事项: (1)收集尿液时,应该尽量选择受试者的“新鲜”尿液; (2)采集晨尿,或6 h以上未排尿亦可;无其他微生物污染。 |
4 其他常见样品
样本类型 | 送样量/库 | 样本保存和运输 | 注意事项 |
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胸水/腹水 | 40ml | 寄送时将样本管放入更大的管或者自封袋中,防止样本运输过程中被破坏;液氮速冻,干冰运输。 | 请勿使用含肝素抗凝剂的采样管收集脑脊液。 |
脑脊液 | 20ml | ||
胆汁 | 15ml | ||
胸水样本制备方法: (1)临床收集胸水后若不能第一时间处理,请于4°C临时保存(不得超过8h); (2)将收集到的胸水1000g离心10min,收集上清液; (3)将得到的胸水上清3000g离心10min,收集上清,-80°C保存。 |
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腹水样本制备方法: (1)临床收集腹水后若不能第一时间处理,请于4°C临时保存(不得超过8h); (2)将采集的腹水在4°C下(室温亦可)离心2000g,20min,去除腹水残渣;-80°C保存。 |
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脑脊液样本制备方法: (1)收集脑脊液10ml(请勿使用含肝素抗凝剂的采样管收集脑脊液),避免受到血液污染;采集方式为腰椎穿刺,样本一经分离,请务必立即置于冰上或4℃短暂保存(不得超过4h),避免受到血液污染,勿使用含肝素抗凝剂的采样管收集盛放; (2)样本室温下3000g离心15min去除细胞及部分碎片,取上清,-80°C保存。 |
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胆汁样本制备方法: (1)用无菌容器收集胆汁; (2)将收集到的胆汁在4℃下,3000g离心10min去除细胞沉渣和碎片; (3)收集胆汁上清液,4℃或者-20℃长期保存。 |
5 自提外泌体样品
样本类型 | 送样量/库 | 样本保存和运输 | 注意事项 |
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自提外泌体 | 体积不超过200μl,粒径浓度要在1×109个/ml以上或者BCA测定蛋白量在30-40μg以上。 | 加入≤200μl RNase-free的PBS并充分混匀或送沉淀。液氮速冻,干冰运输。 | 自行富集的外泌体可接外泌体鉴定,但可能存在无法鉴定为外泌体的情况。 |
6 外泌体RNA送样量
样本类型 | 送样量/库 | 样本保存和运输 | 注意事项 |
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smallRNA | 送样量>10ng,Aligent 2100检测在25-200nt长度范围有峰。 | 收集于EP管中,液氮速冻,干冰送样。 | 若送提取好的RNA,以高灵敏安捷伦2100检测为准。 |
ncRNA | 送样量>5 ng, 2100 检测在 80-200 nt 长度范围有峰,大于 2000 nt 无峰,且 FU>10。 | ||
注意事项: 若用qubit定量结果要在150ng以上(原因:nanodrop检测结果偏高);若用分光光度计由于超过检测最低下限因此不具有参考意义,至少要200ng以上。 |
7 样本测序送样量和鉴定量汇总
样本来源 | 电镜 | 粒径 | 表面标志蛋白检测/指标 | 测序量 | ||
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样本来源 | TEM | NTA | 纳米流式 | WB | 纳米流式 | 送样量 |
外泌体 | 10μl | 10μl | 10μl | 20μl | 10μl | ≤200μl,≥109个/ml |
血清/血浆 | 1ml | 1ml | 0.5ml | 1ml | 0.5ml | 4-5ml |
细胞上清 | 5ml | 5ml | 5ml | 10ml | 5ml | 30ml |
尿液 | 5ml | 5ml | 5ml | 10ml | 5ml | 30ml |
唾液* | 0.5ml | 0.5ml | 0.5ml | 1ml | 0.5ml | 10ml |
脑脊液 | 1.5ml | 1.5ml | 1.5ml | 3ml | 1.5ml | 20ml |
羊水 | 5ml | 5ml | 5ml | 10ml | 5ml | 50ml |
精液* | 1ml | 1ml | 1ml | 1ml | 1ml | 15ml |
胆汁 | 1ml | 1ml | 1ml | 1ml | 1ml | 15ml |
胸/腹水 | 2ml | 2ml | 2ml | 4ml | 2ml | 40ml |
乳汁* | 2ml | 2ml | 2ml | 4ml | 2ml | 50ml |
卵泡液* | 2ml | 2ml | 2ml | 4ml | 2ml | 50ml |
注意事项: (1)*为非常见样本,送样前请先与技术/产品经理确认。 (2)其他类型或不常见样本请单独咨询产品线; (3)关于鉴定:因为蛋白检测需要进行单独的蛋白孵育,因此粒径检测的纳米流式和用于蛋白检测的纳米流式并非同时进行。在送样时如果需要用流式做粒径和蛋白检测,需要按照上表各自的量准备。 |
8 注意事项
(1)细胞上清进行外泌体lncRNA测序项目前,需提前评估;Copyright@2011-2024 All Rights Reserved 版权所有:北京南宫28NG相信品牌力量科技股份有限公司 京ICP备15007085号-1